비료에 관한 내용은 땅 갈기(耕地) 방법에 대해 정리하는 중간에 가장 먼저 나와 있다. 밭(旱田)을 처음 갈이를 한 다음 풀을 펼쳐 덮고 불로 태우고, 다시 한번 갈아엎게 되면, 그 밭의 토질은 좋아질 것이다(旱田 初耕後 布草燒之又耕 則其田自美). 풀을 베거나 뽑아서 말린 다음 태워서 재(灰)를 만들고 이를 땅에 섞어서 비옥도를 확보하려고 하였다. 

척박한 땅의 경우에는 농작물을 일정 크기로 키운 다음 그 땅을 갈아엎어서 땅속에서 농작물이 거름으로 되도록 하는 방법도 권장하고 있었다. 그렇게 하면 잡초(강아지풀)도, 병충도 없으며 척박했던 땅이 양질로 변한다고 한다(薄田 耕菉豆 待其茂盛 掩耕 則不莠不虫 變塉爲良).

농사직설에서 가장 중요하게 여긴 부분은 벼 재배(種稻 附旱稻)이다. 여기에서 볍씨를 조생종(이른 벼, 早)과 만생종(늦은 벼, 晩)으로 구분하고 있다. 이른 벼 수경(早稻水耕)의 경우, 가을 경운을 하고 난 이후 겨울 들어 분(糞)을, 즉 정월 얼음이 녹으면 땅을 갈고 분을 넣어라(耕之 冬月入糞)고 주문하고 있다. 물론 새로운 흙(入新土, 客土)을 넣어도 좋다라고 권한다.

늦은 벼 수경(晩稻水耕)의 경우에도 이른 벼 수경재배와 같이 얼음이 녹는 정월에 땅을 갈고 분을 넣으라고 한다. 올해에 흙을 넣었으면 다음 해에는 분을 넣거나 혹은 잡초를 넣고, 이를 교대로(互爲之) 하는 것이 좋다는 주문이다. 땅이 진흙땅(泥濘)이거나 부허(浮虛:입자가 가볍고 영양이 부족)하거나, 습이 많고 차거운 땅심이거든 즉시 새로운 흙(新土)을 넣을 것이며, 사토(莎土)이고 척박(瘠薄)하거든 우마분이나 연지자엽(連枝子葉, 가지에 붙어 있는 이파리)을 깔아준다. 아울러 인분과 누에똥도 가히 좋다(人糞蠶沙亦佳).

요즘 말하는 종자피복(코팅)성 비료 투입도 권장하고 있다. 땅이 척박한 경우 숙분이나 오줌과 재를 섞은 것(오줌재)과 종자를 같이 파종하라고 한다(地若瘠薄 和熟糞 惑尿灰種之). 다른 곳에서는 분회(糞灰)를 사용하라고 하는 데 이때 분회는 숙분(熟糞)과 뇨회(尿灰)를 말한다. 맥류와 메밀 등 여러 곳에서 사용을 권장하고 있다.

새로 개간한 목초가 무성한 곳(若新墾草木茂密處)을 수전으로 하려는 경우 3~4월 사이에 물풀(水草)이 자랐을 때 윤목(輪木)을 써서 풀을 죽이고, 심한 수렁으로 사람과 소가 빠져 들어가 밟을 수 없는 땅이라면, 도리깨(栲栳)를 사용해서 풀을 죽이(殺草)고 난 이후 파종을 하라고 말하고 있다. 

삼 재배(種麻) 편에서는 우마의 분을 사용하는 방법이 나온다. 정월에 농지를 갈고, 여기에 소와 말의 분(糞, 똥, 大便)을 농지에 뿌린(布牛馬糞) 다음 2월 상순에 다시 갈아엎는다는 이야기가 나온다. 동물로부터 발생되는 분은 매우 양질의 비료였다.

보리와 밀의 재배에 관련한 부분에서는 우마 외양간에 어린 버드나무가지(細柳枝)를 넣은 다음 매 5~6일 마다 이를 꺼내어 쌓아 거름 분이 되도록 하여 보리 농사에 사용하면 매우 좋다(牛馬廐 每5~6日取出 積之爲糞 甚宜於麥)고 적고 있다. 메밀에 관련하여 산림이 비옥하고 두터운 곳은 화경한 다음 종자를 뿌리라고 하고 있다. 이리하면 수확이 2배 증가하기 때문이다(若山林肥厚之地 火耕撒種 所收倍常).

인축과 자연으로부터 얻을 수 있는 유기자원을 비료로 활용하는 방법들은 지금과 비슷하다. 분(糞)과 재(灰)의 사용, 잡초와 일부 농작물의 유기비료로의 사용, 종자와 같이 비료 사용, 축사에 유기물을 넣어서 활용, 객토, 숙분(발효) 활용, 화전이용 등을 보면 그 본질은 지금과 크게 다르지 않다. 바야흐로 봄갈이 이후 청명과 곡우가 있는 3월 농사철이 다가오고 있다. 올해도 풍년 농사를 기원한다.