농촌진흥청은 딸기 1년 농사를 좌우하는 육묘기 때 작은뿌리파리 방제법을 제시했다.

작은뿌리파리는 거의 모든 작물에 발생해 피해를 주며 특히 다른 작물보다 딸기 런너가 활발하게 생장하는 5월에 가장 피해가 많다. 피해는 딸기 육묘가 종료되는 8월 하순까지 지속된다. 올해와 같이 강우가 적정할 때는 피해가 적게는 5%에서 많게는 40%에 달한다.

작은뿌리파리 방제를 위해서는 물리적, 화학적 및 생물학적 방제법을 병행하는 종합관리 기술이 필요하다. 물리적 방제법은 황색 끈끈이트랩을 이용해 성충을 유인ㆍ포살하는 방법이다.

딸기 육묘기 때 황색 끈끈이트랩은 딸기 햇가지 위에 설치하기 보다는 베드 아래에 설치하는 것이 유인과 살충 효과에 더욱 좋다. 이 방법은 수경 및 베드 재배에서 특히 유용하다.

살충제를 이용한 화학적 방제는 점적관수보다 포기별 물주기가 효과적이다. 특히 토양 표면에 서식하는 작은뿌리파리와 같은 토양 서식성 해충은 더욱더 그렇다. 효과적인 토양 및 지제부 관주 살충제로는 아세타미프리드 수화제, 비펜트린·클로티아니딘 액상수화제, 디노테퓨란 입상수화제, 클로르플루아주론 유제가 90% 이상의 살충력이 있다.

생물학적 방제법은 작은뿌리파리의 포식성 천적인 마일즈응애를 이용하는 것으로 작은뿌리파리의 알, 유충, 번데기를 잡아먹는다.